Perso, je fais un sha1 tous les jours de mon site (sans prendre en compte le cache). Si le sha est différent d'hier, j'ai un mail avec les différences de fichier et dans les fichiers.
ça prévient, mais ça protège pas !

Une fois de plus, le site mobile est bien mieux que l'application. + rapide, + efficace, + clair.